Das Prüfungsamt ist in der Wahrnehmung seiner Aufgaben direkt dem Kreistag unterstellt und bei Prüfungen nur den gesetzlichen Bestimmungen unterworfen. Prüferinnen und Prüfer können deshalb auch nur vom Kreistag bestellt und abberufen werden. Damit ist eine unabhängige Kontrolle der Verwaltung gewährleistet.

Neben der Prüfung der Recht- und Zweckmäßigkeit sowie der Wirtschaftlichkeit von Verwaltungsentscheidungen nehmen Beratungstätigkeiten und die Korruptionsprävention einen immer größeren Raum ein. Über die Kreisverwaltung hinaus bestehen weitere Prüfungsaufträge für zwei Städte und eine Gemeinde des Kreises, verschiedene Gesellschaften, Vereine und Verbände und die Mühlenkreiskliniken. Das Prüfungsamt ist eine Pflichteinrichtung des Kreises Minden-Lübbecke.